És per això que la casa te un estil singular “indiano”, amb un pati interior amb dues palmeres centenàries que van morir fa uns anys atacades pel morrut, i dos canons navals clavats a l’entrada. En origen era una arquitectura molt severa, com una fortalesa, sense obertures a l’exterior. Posteriorment es van fer portes i finestres i, amb els anys, s’hi van afegir edificacions. El 1896 es va construir un canal des de Bàscara, conduint l’aigua del riu Fluvià, que feia anar una central hidroelèctrica al costat del Molí Nou, connectada a la primera xarxa elèctrica empordanesa.
Als anys 20, una emprenedora de Figueres va adquirir la finca donant-li nous usos. Aprofitant l’energia de la central elèctrica va construir una farinera a la part nord de l’edifici principal, d’aquesta manera el Moli Nou es va convertir en un indret molt concorregut pels pagesos de l’entorn que hi portaven els cereals a moldre.
L’any 1987 va ser adaptada com a casa de colònies i granja escola.
